Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 25 tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Laboratorium Kesehatan Masyarakat, Balai Labkesmas Makassar memiliki fungsi sebagai berikut:
- Penyusunan rencana, program, dan anggaran;
- Pelaksanaan pemeriksaan laboratorium kesehatan;
- Pelaksanaan surveilans kesehatan berbasis laboratorium;
- Analisis masalah kesehatan masyarakat dan/atau lingkungan;
- Pelaksanaan pemodelan intervensi dan/atau teknologi tepat guna;
- Pelaksanaan penilaian dan respon cepat, dan kewaspadaan dini untuk penanggulangan kejadian luar biasa/wabah atau bencana lainnya;
- Pelaksanaan penjaminan mutu laboratorium kesehatan;
- Pengelolaan biorepositori;
- Pelaksanaan bimbingan teknis;
- Pelaksanaan sistem rujukan laboratorium;
- Pelaksanaan jejaring kerja dan kemitraan;
- Pengelolaan data dan informasi;
- Pemantauan, evaluasi, dan pelaporan; dan
- Pelaksanaan urusan administrasi UPT Bidang Labkesmas.