Struktur organisasi Balai Labkesmas Makassar sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) Bidang Labkesmas Kementerian Kesehatan RI mengacu pada Peraturan Menteri Kesehatan (Permenkes)No.25 Tahun 2023 Tentang Organisasi dan Tata Kerja UPT Bidang Labkesmas.
Berikut merupakan bagan struktur organisasi Balai Labkesmas Makassar.

Profil Kepala
Sesuai struktur organisasi di atas serta regulasi Permenkes No. 25 Tahun 2023, Balai Labkesmas Makassar dipimpin oleh Kepala. Terhitung sejak 2024, Rustam, S.Si., M.Kes resmi menjabat sebagai Kepala Balai Labkesmas Makassar.